И сразу вот по геному осьминга из биомолекулы вот: http://biomolecula.ru/content/1803

Там же под катом, там пару интересных статей.

>>124599
Изменение окраски впечатляет.

Сегодня, в общем задумался, а почему это все ДНК-полимеразы, да и РНК-полимеразы достраивают цепь ДНК только по направлению от 5'-3', но не могут наоборот. Ведь тогда бы по-идее не нужно были бы при репликации фрагменты Оказаки, из-за которых происходят львиная доля мутаций, а так же проблема с теломерами бы не стояла. И возможно, мы бы точно легче смогли быть бессмертными. Иными словами, это достаточно выгодно, но тем не менее, такого не происходит. Самое странное, что теоретически реакция в обратную сторону (3'-5') тоже идет спокойно химически. Вроде у Альберта была даже теория об этом. И вот, я решил в очередной раз загуглить на эту тему, почему все-таки таких полимераз в природе нет. И вот, я случайно наткнулся на пару статеек и даже на охуеннейший ответ на кворе, почему эта реакция не может идти в ту сторону. Как оказалось, вся проблема в том, что, полимераза просто таки не может достраивать до 5'-конца, потому что ей просто не хватает энергии на нормальное мононуклеофильное замещение, как это может происходить при элонгировании 3' конца ДНК, ибо энергии тогда хватит для мононуклеотидного замещения, благодаря отщепляемому пирофосфату. Иными словами, когда удлиняется 5'-конец, то там на конце сидит всего лишь монофосфат, который должен взаимодействовать с новопоступающим dNTP, а именно с его 3'-OH группой (нуклеофилом), но там не хватает энергии для реакции SN2-замещения. А вот, при удлинении 3'-конца реакции поликонденсации происходит нормально, потому что там к концевому нуклеотиду, его 3'-OH группы происходит нормальное замещение, ибо там у приходящего dNTP, энергия для образования заряда на кислороде альфа-фосфата берется при отщеплении двух крайних. (беты и гаммы) Как-то так. Если кто-то не до конца понял мою пасту, то вот вам картиночка и видеоролик на ТыТрубе, там где похожую фигню объясняют на ангельском:
https://www.youtube.com/watch?v=y4hKibS2fAo

>>124666

> там на конце сидит всего лишь монофосфат, который должен взаимодействовать с новопоступающим dNTP, а именно с его 3'-OH группой (нуклеофилом), но там не хватает энергии для реакции SN2-замещения.

шта? это же 3'-ОН взаимодействует с dNTP и от dNTP отщепляются фосфаты, в сторону 5' удлинение невозможно потому что на элонгируемом участке только один фосфат который должен взаимодействовать с -OH группой dNTP и для образования связи не хватает энегрии отщепления одного фосфата

Подписался на тред

>>124676

>и для образования связи не хватает энегрии отщепления одного фосфата

точнее там вообще неоткуда взяться энегрии для образования связи потому что фофат на 5' в молекуле должен был бы находиться на месте фосфодиэфирной связи, поэтому для всяких лигаз и необходима атр в качестве кофактора

Учёные подробно разглядели структуру, которой бактерии пользуются для принятия решений

Биологи из Иллинойского университета представили отчёт о механизме, который отвечает у бактерий за хемотаксис — двигательная реакция, вызванная внешними раздражителями. Устройство этой структуры, отдалённо напоминающей органы чувств и нервную систему организмов, было подробно изучено на молекулярном уровне.

Бактерии способны двигаться по направлению к веществам, привлекательным для них (обычно это питательные вещества – сахара, аминокислоты), и уходить от отталкивающих их веществ (жирные кислоты, спирты). При этом бактерии обладают большой чувствительностью, и способны реагировать на изменения концентрации веществ на 0,1%. Кроме того, рецепторы бактерий способны реагировать на свет.

«На поверхности бактерии имеются тысячи рецепторов, сканирующих окружающую среду, и сообщающих бактерии, что нужно делать»,- поясняет профессор Клаус Шультен [Klaus Schulten]. Процесс напоминает работу органов чувств у высших животных, за исключением того факта, что у бактерий нет центральной нервной системы. И всё-таки они способны не только реагировать на внешние раздражители, но и использовать механизм рудиментарной памяти, позволяющий им выживать.

Поверхностные рецепторы передают информацию на более глубокий слой белков, называемый киназой, которая интерпретирует полученные данные, на основании чего даёт команды «продолжаем движение» или «меняем направление». В последнем случае эта киназа передаёт химическую команду другой киназе, которая непосредственно контролирует движения жгутика бактерии.

Ранние попытки исследования принципов функционирования упомянутой молекулярной структуры при помощи электронных микроскопов и кристаллографии наталкивались на несовершенства этих технологий – в частности, их низкое разрешение. Авторы работы создали технологию, позволяющую очистить ключевые белки структуры, и комбинировать их таким образом, чтобы они собирались в тонкие слои. В результате удалось получить чёткие трёхмерные снимки как их пространственного расположения, так и взаимодействия друг с другом.

Специально разработанный комплекс компьютерного моделирования, работавший на суперкомпьютере Blue Waters, построил трёхмерную модель системы на основе симуляций реакций каждого атома в структуре, и полученных различными методами данных. Полученная модель подробно объясняет взаимодействие между частями хемосенсорной структуры.

Новое, улучшенное представление о работе структуры даёт много ответов и поднимает много новых вопросов. Как сигнал проходит от рецепторов к киназе, схема взаимодействия всех компонентов системы хемотаксиса – всё это предстоит изучать. Шультен сравнивает этот процесс познания с изучением сложных механических часов.

«Чтобы понять работу механической системы, нам надо выяснить её структуру,- говорит он. – Когда мы откроем часы и увидим, как шестерёнки связаны друг с другом, мы сможем начать раздумывать над принципом работы часов. И нам уже известно, как связаны шестерёнки в „мозгу“ бактерий».

http://geektimes.ru/post/267286/

>>124666
На твоей пикрелейтед объяснение совсем не соответствует тому, что ты написал. Картинка просто объясняет, что если бы при 3'-> 5' синтезе использовался бы такой же пруфридинг и такие же dNTP как при 5'-> 3', то любой пруфридинг приводил бы к терминации цепи (необратимой). Прямое удлиннение 3'-> 5' принципиально возможно, что твоя же пикча и показывает. "Энергии" там выделяется предостаточно.
Только это мало что объясняет.

Например, можно представить дополнительный энзим, который достраивает PPP на 5'-OH после удачного удаления последнего основания для продолжения элонгации.
Или, можно представить полимеразу, которая в качестве пруфрида использует качественно другой механизм: вместо вырезал-вставил, что-нибудь вроде прямого замещения одного основания на другое, используя при этом энергию гидролиза PPP для активации основания, которое подлежит замещению.
Еще можно представить себе совсем другую модель жизни, где вместо 5'-OPPP оснований используются 3'-OPPP. В такой системе полностью аналогичная конденсация происходила бы 3'-> 5' (пикрелейтед). Почему мы живем в 5'-OPPP мире - неясно.

>>124697
да даже без пруфридинга откуда трифосфат на 5' элонгируемой цепи возьмется?

>>124699
Открой картинку >>124666, на левой панели нарисовано, как они себе представляли 3'->5' удлиннение. PPP всегда на 5'-OH находится: и на мономере, и растущей цепи. Конденсируются, фактически, два трифосфата (другое дело, что один из трифосфатов, а именно тот, который на мономере, участия в реакции не принимает до следующего цикла элонгации).

>>124700
завтра я точно напишу отъедает ли праймаза пирофосфат от 5' рнк-затравки когда отрою лекции, а сейчас спать

>>124700
итак, в чем суть, удлинение 3'-5' не происходит потому что а) трифосфат на 5'-конце праймера кинируется до ди- или монофосфата, даже старт предполагаемой элонгации становится невозможен, б) если бы он там так и оставался и предположить элонгацию используя присоединение 5'-PPP элонгируемой цепи к 3'-OH dNTP все равно ничего не получилось бы, поскольку кофакторами для полимеразы являются ионы двухвалентных металлов оттягивающие электронные плотности как ОН- группы праймера, так и бета-и гамма- фосфатов нуклеотида, если бы происходило наоборот фермент пришлось бы извратить просто дичайше и не факт что все бы это работало как надо, возможно в самом начале эволюции и была элонгация 3'-5', но видимо она была настолько неэффективной что уступила 5'-3' даже с костылями

>>124697

> Например, можно представить дополнительный энзим, который достраивает PPP на 5'-OH после удачного удаления последнего основания для продолжения элонгации.

А как же бритва Оккама при эволюции жизни?

> Почему мы живем в 5'-OPPP мире - неясно.

Думаю, тут все понятно на самом деле. Просто это так же, как с хиральностью у аминокислот и сахаров. Мы живем в таком мире потому, что так в процессе эволюции все сложилось, иными словами на такой пик приспособленности залезли в процессе естественного отбора энзимы, с которого уже не слезут.
>>124701

> когда отрою лекции

А что за лекции это у тебя?
>>124713

> но видимо она была настолько неэффективной что уступила 5'-3' даже с костылями

а почему она должна была быть с костылями?

>>124997

> А что за лекции это у тебя?

полуинсайдерские от директора по научным разработкам компании в которой я сейчас работаю

> а почему она должна была быть с костылями?

не, я про костыли в виде отстающей цепи с фрагментами оказаки в 5'-3' удлинении, что видимо даже так оказалось эффективнее чем удлинение 3'-5'

При помощи CRISPR впервые удалось провести генную терапию у взрослого млекопитающего

http://geektimes.ru/post/268780/

Тут про вещества можно спрашивать? Вот есть препарат: mozdocs.kiev.ua/likiview.php?id=34752. Действующее вещество: амисульприд. В инструкции написано, что амисульприд блокирует пресинаптические D₂ и D₃ дофаминовые рецепторы. Как подобное действие может помогать при негативной симптоматике (депрессия и т. д.)? Если поясните про значение слов «пресинаптические», «D₂» и «D₃», будет вообще замечательно. В нейробиологии я разбираюсь очень плохо.

>>125322

> Тут про вещества можно спрашивать?

естественно, тема веществ стала неотъемлемой частью новеря

> Если поясните про значение слов «пресинаптические», «D₂» и «D₂», будет вообще замечательно.

пресинаптические значит находящиеся на мембране аксонной терминали передающего сигнал нейрона, D₂ и D₃ это типы дофаминовых рецепторов, эти сопряженные с g-белками, всего у позвоночных пять типов дофаминовых рецепторов, есть и канальные

> В инструкции написано, что амисульприд блокирует пресинаптические D₂ и D₃ дофаминовые рецепторы. Как подобное действие может помогать при негативной симптоматике (депрессия и т. д.)?

это только в малых дозах, в больших блокируются и постсинаптические, и он начинает действовать как обычный антипсихотик, при негативной симптоматике малые дозы помогают т.к. ингибирование пресинаптических дофаминовых рецепторов стимулирует высвобождение дофамина из везикул в аксонной терминали и как следствие повышают общий уровень дофаминергической трансмиссии

>>125007

> полуинсайдерские от директора по научным разработкам компании в которой я сейчас работаю

Слушай, а можешь скинуть пожалуйста, если тебе не трудно. Потому что достаточно интересно.

> я про костыли в виде отстающей цепи с фрагментами оказаки в 5'-3' удлинении, что видимо даже так оказалось эффективнее чем удлинение 3'-5'

Вот вот это и есть как раз для меня странным. Разве не легче было бы с самого начала, чтобы в процессе эволюции фермент удлинял на 5'-конец? Я конечно понимаю, эволюция, это процесс чисто стохастический и такое никогда бы не возникло.
Алсо, еще меня беспокоит, почему не одна ДНК-полимераза не может de novo синтезировать, как та же DdRp, используя по-аналогии сигма-фактор?

>>125418

>полуинсайдерские
>директор
>научная разработка
>компания
>в которой работает

Ага, так он сразу и скинет.

>>125418

> Слушай, а можешь скинуть пожалуйста, если тебе не трудно. Потому что достаточно интересно.

аудиозаписи точно скинуть не смогу, могу выложить перегнанные в пдф презентации и записи из тетрадки(только не своей, у меня и так почерк корявый и я еще регулярно спал в теплом конференц-зале т.к. лекции были первой парой)

> Разве не легче было бы с самого начала, чтобы в процессе эволюции фермент удлинял на 5'-конец?

возможно в самом начале так и было, только было настолько коряво что уступило место 3'-5'

> Алсо, еще меня беспокоит, почему не одна ДНК-полимераза не может de novo синтезировать, как та же DdRp, используя по-аналогии сигма-фактор?

видимо чтобы осложнить жизнь чужеродным днк попавшим в клетку

>>125444

> могу выложить перегнанные в пдф презентации и записи из тетрадки(только не своей, у меня и так почерк корявый и я еще регулярно спал в теплом конференц-зале т.к. лекции были первой парой)

this. Было бы непохо, а то я никак не могу найти нормальные и достаточно глубокие объяснения этому.

> возможно в самом начале так и было, только было настолько коряво что уступило место 3'-5'

Но все-таки некоторые аноны тут говорили, например >>124697-кун, что такие ферменты в принципе то могли с самого начала возникнуть в процессе ранней эволюции, когда жизнь скорее всего еще была на доклеточном периоде в виде ансамбля вирусоподобных частиц. Но почему они не возникли? Дело случая? Но ведь такая гипотеза более сложная, нежели та, которая утверждает о детерминистическом развитии жизни на Земле без таких вот случайностей. Вот, например, как я в одной статье видел, что L-аминокислоты канализировали синтез хирально чистых нуклеотидов, связываясь и выводя из цикла синтеза L-углеводы, вот и получались в итоге только D стереоизомеры. А если взять то, что во время предбиологической эволюции ультрафиолет влиял на все это, то качественный состав биополимеров предопределен и если теперь нахуй стерилизовать полностью Землю и вернуть ее в катархей, то качественный состав в итоге будет тот же самый.

> видимо чтобы осложнить жизнь чужеродным днк попавшим в клетку

Вэйт, а как насчет РНК? Я понимаю, она то сама быстрее гидролизируется, но в самом начале, когда появились первые репликаторы, которые жили в порах вулканических курильщиков, то существовало очень много таких протовирусов-паразитов, с разнообразной рибозимной активностью, которые паразиторовали на них. Так что, я думаю, твоя гипотеза не сильно для этих дел подходит.

>>125469

> this. Было бы непохо, а то я никак не могу найти нормальные и достаточно глубокие объяснения этому.

тогда вечером скину, они на внешнем диске и в разных папках, порыться надо

> Но все-таки некоторые аноны тут говорили, например >>124697-кун, что такие ферменты в принципе то могли с самого начала возникнуть в процессе ранней эволюции, когда жизнь скорее всего еще была на доклеточном периоде в виде ансамбля вирусоподобных частиц.

так и я о том же, может быть они были, но из-за малой эффективности уступили место 3'-5'

> Вэйт, а как насчет РНК?

ну борьба с чужеродными рнк это уже сильно другой случай касательно того почему днк-полимераза не может работать без праймера

>>125469
а тебе нужно по белок-нуклеиновым взаимодействиям или еще по нуклеиновым кислотам и белкам отдельно? просто первое я могу сразу скинуть, а второе надо сильно подчищать

вобщем надоело мне ковыряться, все что нашел http://rusfolder.com/44627502

>>125509

> К сожалению, в данный момент сервер не может обработать ваш запрос.
> Пожалуйста повторите его позже.

Со второй попытки пошло.

Для тех, у кого тоже проблемы со скачиванием перезалил сюда
http://ipfs.io/ipfs/Qmf5wry9GorVTdJTDq4t42KvRxA8EGeGHbZExtcUEn5GK8/

В общем, решил сегодня зайти на Nature и побродить по самым интересным для меня журналам: Nature Review microbiology и Nature review genetic. И нашел пару интересных вещей там. Первое, что это плакатик по NGS. Думаю, тема очень интересная и любого должна задеть, который хоть сколь-нибудь заинтересован в молекулярке и биотеху. Потом, конечно же, я еще нашел пару интересных вещей, связанных с CRISPR-системой. Первая, обзорная статья, по общим механизмам ее работы, а вторая статья (или вернее я бы назвал это заметкой редактора) посвященная найденной ее под разновидности у нескольких бактерий. В общем прелесть этого подвида системы, который вместо Cas-9 использует Cpf1, заключается в том, что во-первых: не нужна trRNA, т.к. in vivo бактерии используют 2 молекулы РНК в комплексе с эндонуклеазой Cas-9, и ученным нужно было делать гибрид ее, а тут бац, Cpf1 не нужен эта РНКа. Во-вторых в PAM-регионе, короткой области, вместо гуанинов, она узнает тимидиловые нуклеотиды, что более выгоднее для эукариот, которые относятся к АТ-богатым организмам. И в-третьих, самое, важное, это образование *липких концов* вместо *тупых концов* при DSB. Насколько это же охуенно анон! Теперь, необязательно надеяться на счастливый случай того, что во время гомологической рекомбинации удастся встроить этот ген в геном организма. Он будет встраиваться, как и при олдфажной методике создания рекомбинантных ДНК, при чем никаких ошибок, вроде микроделеций: либо сцепились липкие концы разных ДНК, либо одной и той же. Правда, таким образом нельзя изменять последовательность, а только лишь добавлять. Но, это тоже думаю, неплохо. В общем, все статьи поместил я в раржпег, ибо так удобнее и красивее. Завтра, может зайду в ПабМед и чего-нибудь еще поищу и скину интересное.
Алсо, вспомнил, что вроде, видел на просторах инета статью, где удалось с помощью методов белковой инженерии изменить заряд белка из позитивного на более нейтральный и снизить off-target при узнавания мишени до нуля. Ну, по крайней мере, авторы это утверждали в данной статьи. Чуть позже постараюсь скинуть, как посплю, если конечно же, меня никто не опередит.

>>125771

>И в-третьих, самое, важное, это образование *липких концов* вместо *тупых концов* при DSB. Насколько это же охуенно анон! Теперь, необязательно надеяться на счастливый случай того, что во время гомологической рекомбинации удастся встроить этот ген в геном организма. Он будет встраиваться, как и при олдфажной методике создания рекомбинантных ДНК, при чем никаких ошибок, вроде микроделеций: либо сцепились липкие концы разных ДНК, либо одной и той же.

еще два варианта вставки последовательности если одинаковые концы

>>125777
Т.е. не совсем понял тебя?

>>125783
ну режет же она с образованием одинаковых концов, тогда вставочный фрагмент с такими же концами может залигироваться в двух направлениях, прямом и обратно-комплементарном

>>125786
А все, понял, спасибо.

Сегодня нарыл в инете очень интересную штуку - метод позволяющий вызывать многократные изменения у прокариот - MAGE (Multiplex Automated Genome Engineering) называется. Можно изменить/добавить/удалить определенную информацию в геном прокариот в определенном локусе сразу у всей популяции, либо наоборот, можно сделать более генетически гетерогенной популяцию. Подобности с красивым мультиком здесь: http://wyss.harvard.edu/viewpage/411/
А и да, пару товарищей потом объеденили с другой дополнительной методикой, названной CAGE заменив у бактерий быстро все ТАГ кодоны на ТАА. http://blogs.discovermagazine.com/notrocketscience/2011/07/14/hacking-the-genome-with-a-mage-and-a-cage/#.Vq1Y0lKgvC8

У меня сразу возник вопрос, можно ли технологию MAGE применить к эукариотам, ибо там все сводится по-сути к "скармливанию" клеткам олигонуклеотидов, с помощью электропорации, а эта методика универсальна для всех клеточных организмов. Если это в теории можно, то почему еще ее до сиг пор не сделали? Или я опять мугичкой читал и не нашел статьи?
А и да, есть ли что-то подобное на CAGE и MAGE для такого масштабного редактирования тобиш геномной инженерии для эукариот? Если что, про мутационно-цепную реакцию и всякие драйвы генетические наслыхан. Может что-то интересное чуть позже по этому и скину.

>>126120

> Сегодня нарыл в инете очень интересную штуку - метод позволяющий вызывать многократные изменения у прокариот - MAGE (Multiplex Automated Genome Engineering) называется. Можно изменить/добавить/удалить определенную информацию в геном прокариот в определенном локусе сразу у всей популяции, либо наоборот, можно сделать более генетически гетерогенной популяцию.

они проделали это на определенном штамме киш.палки и чтобы польшая часть популяции была модифицирована порировать приходится от 6 до 8 раз, так что не факт что это даже на всех прокариотах работает

Прости, что не в тему треда, но хочется узнать у сведущего человека. Поясни, пожалуйста, за человеческие чувства и эмоции. Они, если я верно понимаю, все контролируются гормональной системой. Только ли ей? Есть ли ещё какие-нибудь механизмы регуляции?

>>126189
все они контролируются медиаторными системами, гормоны действуют на весь организм целиком, активируя/ингибируя нейроны определенного типа или зоны в мозге она воздействуют на системы передачи сигналов, но это только малая толика от всех эмоциональных переживаний, и перестань мной аватаркофажить, у меня и так сегодня денек просто кому рассказать не поверят

>>126193
Спасибо за ответ.
А тобой - это кем?

>>126198
горничной зависимой от фарм.продукции и не только

>>126200
Я и не знал о существовании такой. Можно источник?

>>126208
Nijiura Maids. Упоротая мэйда - Yakui.
https://danbooru.donmai.us/wiki_pages/9031
also
https://www.youtube.com/watch?v=zZM9q2xHVrs

Бамп.

Интересные мысли:

1. Молекулярная биология и системная биология человека, при достаточно высоком уровне развития, могут дать конкретные протоколы для увеличения продолжительности жизни во много раз. Или даже во столько раз во сколько понадобится.
2. Если assume что нам в отсутствие существенного прогресса в медицине осталось жить 50 лет, то очень вероятно что за время нашей жизни люди не успеют развить молекулярную и системную биологию в достаточной мере. Генов много, все гены мыши до сих пор не исследованы knockout'ом, а ведь есть ещё парные взаимодействия генов которые ещё меньше исследованы. По состоянию на 2016 год даже в маленькой модельной бактерии m.genitalium неизвестна функция ~30% генов, которые тем не менее необходимы для её выживания. Системная биология развивается слишком медленно.
3. Одна из немногих возможностей довести молекулярную/системную биологию до нужного уровня завершённости на нашем веку это применение сильного машинного обучения и автоматизации к научному процессу. Reinforcement learning-агенты натренированные на генерацию новых гипотез, постановку, проведение экспериментов в автоматизированных лабораториях могут решить эту задачу.

Иллюстрация молекулярной/системной биологии - взаимодействия экспрессии HOX генов которые дают разные формы тела животных.

bump

>>132214

>m.genitalium

Гыгы, забавное название. Почему именно такое?

bump