[/b/] [/d/] [/tu/] [/a/] [/ph/] [/wa/] [/cg/] [/t/] [/p/]
Сап, новерь. У меня будет к тебе такой вопрос по молекулярной биологии. В общем суть вот в чем: разгорелся у меня недавно спор с преподом одним по поводу праймеров и закончился он такой вещи. А именно, где существует гораздо выше вероятность мисматча между двумя молекулами ДНК: при узнавании (гибридизации) коротких последовательностей ДНК или наоборот длинных. Мне почему-то всегда казалось, что чем длиннее последовательность, тем более специфическая она, препод же мне, наоборот, привел контраргумент, что чем длиннее последовательность, тем больше вероятность того, что будет мисматч, если вспомнить хотя бы правило суммы из школьного курса теории вероятности. Так вот, новерь, ключевой вопрос: какого лучше размера должна быть молекула - большего или меньшего, для **точного**** распознавания конкретной мишени ДНК/РНК внутри генома?
>>135764> спор с преподом одним по поводу праймеров и закончился он такой вещи. А именно, где существует гораздо выше вероятность мисматча между двумя молекулами ДНК: при узнавании (гибридизации) коротких последовательностей ДНК или наоборот длинных.при отжиге одноцепочечных комплементарных последовательностей друг на друга? от термодинамических характеристик зависит и самой последовательности(насыщенность g-c парами, вероятность отжига на саму себя, etc. вобщем vectornti это говно считать умеет) вообще чем длиннее праймер тем специфичнее он отжигается, но в то же время с увеличением длинны он охотнее проглатывает нестыковки, если надо было что-то срочно делать и не было времени ждать пока запилят и привезут точные олиги "хуяк, хуяк и в пцрник" прокатывало даже с 25% несовпадающей комплиментарной последовательностью если олиг был длиннее 50 пар
>>135764
> спор с преподом одним по поводу праймеров и закончился он такой вещи. А именно, где существует гораздо выше вероятность мисматча между двумя молекулами ДНК: при узнавании (гибридизации) коротких последовательностей ДНК или наоборот длинных.
при отжиге одноцепочечных комплементарных последовательностей друг на друга? от термодинамических характеристик зависит и самой последовательности(насыщенность g-c парами, вероятность отжига на саму себя, etc. вобщем vectornti это говно считать умеет) вообще чем длиннее праймер тем специфичнее он отжигается, но в то же время с увеличением длинны он охотнее проглатывает нестыковки, если надо было что-то срочно делать и не было времени ждать пока запилят и привезут точные олиги "хуяк, хуяк и в пцрник" прокатывало даже с 25% несовпадающей комплиментарной последовательностью если олиг был длиннее 50 пар
На коротких. На длинных, добавлю аргумент в пользу частного случая для ДНК, до связывания быстрее растет увеличивающий Хэмминга шанс деаминирования. Плюс пост выше.
>>135765>>135768Окей, тогда такой вопрос: для РНК-интерференции и CRISPRа какого размера молекулы более эффективны: большего или меньшего?
>>135776Извини, по этому знаний не хватает тотально, до этого отписывался тем что помнил, как давали в университете, а если бы воспользовался другими источниками, то шанс того, что ты не ознакомлен с ними минимален.
>>135776а хрен его знает, белок-нуклеиновые взаимодействия просчитываются плохо, в природе в системе crispr в бактериях и археях длина узнающей последовательности обычно 30-50 нуклеотидов, интерферирующие рнк тоже обычно не длиннее 30 оснований, видимо примерно такая длинна и является оптимальной
- wakaba 3.0.7 + futaba + futallaby -